يوجد استخدامات مهمة لنظم المعلومات الجغرافية في المجال الصحي، وخاصة في مجال مراقبة انتشار الأوبئة (disease outbreak control). مثل انفلونزا الطيور وغيرها.

وتستخدم منظمة الصحة العالمية عدداً من الخرائط والتطبيقات ومن بينها الأطلس الصحي.