كما ذكر د. وسام فليس بالضرورة أن تقوم البرامج بتخزين البيانات في قاعدة بيانات أكسس أو أوراكل أو سيكوال سيرفر إلخ... بل يمكن تخزين البيانات في ملفات عادية. فمثلاً برنامج إكسل يقوم بتخزين البيانات في ملف xls وبرنامج ورد يقوم بتخزين البيانات في ملف doc ونفس الشيء بالنسبة لبعض برامج GIS.

بالنسبة للمشاريع الصغيرة والمؤسسات الصغيرة فإن تخزين بيانات GIS في ملفات ShapeFile يكون جيداً، ولكن للمؤسسات الكبيرة التي تحتوي على عدد كبير من مستخدمي بيانات GIS والتي يكون فيها تحديث تلك البيانات كبيراً ومن قبل عدة مستخدمين فيفضل استخدام أنظمة إدارة قواعد البيانات العلائقية (RDBMS) مثل أوراكل وسيكوال سيرفر لتخزين الخرائط والبيانات وهذا يتيح إمكانية تعديل البيانات من قبل عدة مستخدمين في نفس الوقت إضافة إلى تنظيم عملية تخزين البيانات واستخدام أنظمة الصلاحيات المتقدمة التي توفرها أنظمة قواعد البيانات تلك إضافة إلى عمليات النسخ الاحتياطي وغيرها.

وهكذا بدأت تظهر تقنيات مثل Oracle Spatial و ArcSDE وغيرها لتخزين الخرائط والبيانات في أنظمة إدارة قواعد بيانات.